简单进化树：一本操作手册
——phylogenentic
trees made easy , third edition
作者：Barry G. Hall
出版：Sinauer Associates, Inc.
索书号：Q111-37/H174(3)/2008
本书适合生物学专业较高年级、研究生及有一定建系统树经验的读者阅读。另外，本书不适合作为系统学或系统发生学的基础课程，但是可以作为基础课程的补充教材，是系统发生学理论理解向方法实践应用的转变工具。
系统树指有机体间的分类和用来解释历史关系的工具，其形状像有分支的书一样，故为系统树。系统树最早被分类学家应用的，但是今天有关系统树更频繁的出现于分子方面的文章中，这些文章本身与系统发生学或进化学无关；文章中的结论反应了一种理解生物过程的作为工具“树”的增长认识。系统树允许我们组织我们对一感兴趣蛋白和其它蛋白之间关系的认识，也允许我们得出生物功能的结论，除非不明显。系统发生学被认为是生物学的难点，致使没有被分子和生物化学方向的生物学家广泛应用。随着DNA测序技术的出现，系统发生学开始有了变化，系统发生学作为一个工具来理解生物学各个方面的力量变得明显了。但是仍然有些问题，系统发生学分析被认为是难的，仅仅有一部分专家应用。现在，系统发生分析是基因组学和生物信息学新领域的核心，几乎没有期刊出版文章不包括系统树。作为重要领域的生物信息学的出现没有改变系统发生分析是困难的和令人畏惧的这一状况，一些分子和细胞生物学家无论什么时候需要建树发文章，常常寻求与系统发生专家合作。事实上是大多数情况下，为文章构建一个强大的、有效的系统树是没有应用word写文章或作图软件作图更具有挑战性。
《简单系统树：一本操作手册》（第三版）是一本系统树构建更加全面、详尽的、容易学习和操作的教科书。本书的目的就是为所有生物学家服务，让系统树分析可以被所有生物学家应用。本书不适合作为系统学或系统发生学的基础课程，但是可以作为基础课程的补充教材，是系统发生学理论理解向方法实践应用的转变工具，供有系统树构建基础的人才探讨更深的系统树构建问题。过去三年里系统发生分析的软件发生了很大的变化，新的程序出现了，这样一些程序就过时了，本书因此有了新的变化。继续确保程序的应用在第二版本提到的Macintosh、Windows、Unix三个操作系统中有详尽的介绍。
本教材共有十一章内容。第一章是简介，主要有前言、新的和改善的软件、做树简单的步骤、关于建树的更多的原理、讨论建树的计算机程序和如何获得这些程序、本书的网站和网站注册及本书中的一些惯例；第二章是建树的指南，主要讲的是应用MEGA建一个简单的系统树，其目的是让读者熟悉建树的步骤和MEGA建树软件的基本应用，包括建树序列的获得、序列的比对、树的评估方法和树的作图；第三章讲了一个系统树中序列的确定，该排除还是包含在内，以及从NCBI数据库中下载序列等；第四章系统讲了构建系统树的广泛应用的方法，如何评价系统树的有效性；第五章是谈了如何使做出的系统树更容易让读者明白等；第六章、第七章、第八章涵盖了构建系统树的其他的方法等；第九章是重建祖先序列等；第十章探讨合适的进化；第十一章是多样的平台和操作系统等。
《简单系统树：一本操作手册》（第三版）是一本构建系统树优秀的教材和参考书，本书的系统性很强，有一定的深度。本书具有一些新的特色，如下：
1、 知识上，本书中涉及的程序得到了及时的更新，如MEGA、PHYML等；
2、 本书设立了网站，方便学习和比较。
本书目录
第一章：简介
第二章：建树指南
第三章：序列的获得和比对
第四章：邻接法建树
第五章：系统树作图
第六章：简约性
第七章：最大似然法
第八章：系统树的贝叶斯推理
第九章：重建祖先序列
第十章： 探测合适的进化
第十一章：多样化的工作平台
（武汉大学生命科学学院研究生 秦克周）